Организация лаборатории рассматривается на примере внедрения биочип-технологии в диагностику туберкулеза на базе работающей микробиологической лаборатории. Если лаборатория уже обладает диагностической технологией основанной на ПЦР, то для внедрения биочип-технологии необходимы минимальные дополнения в комплектацию.
Выявление микобактерий туберкулезного комплекса (МТБ) и определение их лекарственной чувствительности к рифампицину и изониазиду при использовании набора ТБ-Биочип и определения лекарственной чувствительности к фторхинолонам при использовании набора ТБ-Биочип-2 достигается проведением ряда последовательных этапов, включающих:
• выделение ДНК (деконтаминация клинического образца и лизис микроорганизмов)
• две последовательные стадии мультиплексной ПЦР
• гибридизацию полученных ПЦР-продуктов (ампликонов) на биологическом микрочипе
• регистрацию и интерпретацию полученных результатов.
С целью определения целесообразности проведения гибридизации после первой ПЦР проводится электрофоретический контроль амплификации.
Таким образом, в лаборатории необходимо выделить четыре зоны с целью предотвращения контаминации.
1. Зона выделения ДНК
Целесообразно разместить данную зону в имеющемся помещении лаборатории, где проводят стандарную обработку мокроты. Выделение ДНК также имеет стадии деконтаминации, разжижения мокроты и получения осадка.
(Культивирование и бактериологию желательно отделить от работы с мокротой, для предотвращения контаминации из-за высокой чувствительности ПЦР).
Крупное оборудование:
• Ламинарный шкаф II класса защиты
• Центрифуга для 50 мл пробирок (6 и более гнезд)
• Микроцентрифуга для 1,5 мл пробирок.
2. Зона приготовления ПЦР смеси
Данная комната не должна иметь общей двери с помещением №4 (электрофорез). Возможно размещение данной зоны в комнате для приготовления сред («чистая» зона лаборатории).
Желательно:
• наличие минимального предбоксника (или простой внутренней перегородки)
• при отсутствиии – достаточное количество УФ-облучателей
Крупное оборудование:
• ПЦР-бокс
• Холодильник
3. Зона внесения и проведения ПЦР
Крупное оборудование:
• ПЦР-бокс
• ПЦР-амплификатор
4. Зона электрофореза и гибридизации
Данная комната не должна иметь общей двери с помещением №2 (приготовление ПЦР смеси).
Желательно:
• наличие минимального предбоксника (или простая внутренняя перегородка)
Крупное оборудование:
• Универсальный аппаратно-программный комплекс для анализа биочипов
• Электрофорезное оборудование
• УФ-облучатели
• Холодильник
В случае невозможности выделения отдельных четырех зон, возможно уменьшение их количества за счет объединения, однако в этом случае обязательна консультация со специалистами Фирмы и Лаборатории.
